財政部關務署高雄關鎮守國境，主要業務有稽徵(申報進出口貨物，進行報關文件審核及貨物抽驗)、查緝(防止走私貨物進出口，執行檢查或查緝作業及大港倡議計畫之輻射檢驗)、保稅、國際郵包通關、旅客行李檢查等。「臺灣港務股份有限公司高雄分公司船舶交通服務系統」(VTC塔台)守護高雄港，港區設置有五部雷達等高科技設備，對港區半徑二十海浬範圍內船舶實施偵測、追蹤，並將資訊傳回VTC塔台內整理分析，可對船舶提出航行指導與警告訊息，防止海上意外事故發生。